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論文ハイライト

大腸菌の組換えを促進するχ配列の進化的選択圧をゲノム解析により検証

塩基組成の罠を解いて見えたのは、柔軟な適応性を持つ酵素の可能性 1.Arakawa K, Uno R, Nakayama Y, Tomita M,(2007) Significance of the genomic properties of Chi sites validated from the distribution of all octamers in Escherichia coli,...

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バクテリアゲノムにおける高精度な複製開始・終結点予測法を開発

テレビやラジオなどのデジタル信号処理で使われるノイズ除去フィルタをゲノム解析に応用 1.Arakawa K, Saito R, Tomita M,(2007) Noise-reduction filtering for accurate detection of replication termini in bacterial genomes, FEBS Letters, 581(2):253-2...

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線虫をもちいたmicro RNA標的遺伝子の情報学的解析

短いRNAによる新たな遺伝子発現の制御機構を明らかに 1.Watanabe, Y., Yachie, N., Numata, K., Saito, R., Kanai, A. and Tomita, M. (2006) Computational analysis of microRNA targets in Caenorhabditis elegans, Gene, 365, 2-10  DNA...

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大腸菌の細胞内における代謝のふるまいを史上最大規模で分析

代謝物質、タンパク質、RNAを網羅的かつ定量的に計測、生命の強さの秘密が明らかに 1. Ishii N, Nakahigashi K, Baba T, Robert M, Soga T, Kanai A, Hirasawa T, Naba M, Hirai K, Hoque A, Ho PY, Kakazu Y, Sugawara K, Igarashi S, Harada S, Masuda T...

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心筋細胞発生過程のモデリングとシミュレーション

生命の泉源である心臓の発生過程をコンピュータ上で再現 1. Itoh, H., Naito, Y. and Tomita, M. (2007) Simulation of developmental changes in action potentials with ventricular cell models, Systems and Synthetic Biology, 1, 11-23 ...

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血球代謝の酸素センシング機構のシミュレーション予測とメタボローム解析による実証

コンピューター上で生命現象の解明に成功、情報学と生化学の融合へ大きな一歩を。 1. Kinoshita, A., Tsukada, K., Soga, T., Hishiki, T., Ueno, Y., Nakayama, Y., Tomita, M. and Suematsu, M. (2007) Roles of hemoglobin Allostery in hypoxia-induced...

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Restauro-G:ゲノム再アノテーションソフトウェアの開発

Restauro-G:ゲノム再アノテーションソフトウェアの開発メタゲノム時代を支援する高速再アノテーションソフトウェアで、比較ゲノム解析前にアノテーションの統一を1.Tamaki S, Arakawa K, Kono N, Tomita M.(2007) Restauro-g: a rapid genome re-annotation system for comparative genomics...

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SPLITSによるtRNAの網羅的予測と機能解明

tRNAを網羅的に予測するソフトウェアSPLITSの開発、そして未知のtRNA発見へ 1. Sugahara, J., Yachie, N., Arakawa, K. and Tomita, M. (2007) In silico screening of archaeal tRNA-encoding genes having multiple introns with bulge-helix-b...

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eXpanda:分子間相互作用ネットワーク可視化ソフトウェアの開発

相互作用を自在に描画、細胞内ネットワークを視覚的にとらえて、一段上の理解へ。 1. Negishi, Y., Nakamura, H., Yachie, N., Saito, R. and Tomita, M. (2007) eXpanda: an integrated platform for network analysis and visualization, In Silico Biolo...

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MEGU: 統合パスウェイマップへの複合データ可視化システムの開発

ゲノム、メタボローム、プロテオームなどの大量データ解析の為のパスウェイ可視化webサービスを公開 1. Kono, N., Arakawa, K. and Tomita, M.(2006). MEGU: Pathway mapping web-service based on KEGG and SVG. In silico biology.  さまざまな計測機器の発展により、細胞内の分子の定量的な...

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