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論文ハイライト

古細菌における断片化されたtRNA遺伝子の大規模配列解析

新種tRNA遺伝子の発見からその進化の軌跡をたどる Sugahara, J., Kikuta, K., Fujishima, K., Yachie, N., Tomita, M. and Kanai, A. Comprehensive analysis of archaeal tRNA genes reveals rapid increase of tRNA introns in the orde...

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シロイヌナズナの大規模リン酸化プロテオーム解析

新技術によって植物細胞におけるチロシンリン酸化部位の大量同定に成功Sugiyama, N., Nakagami, H., Mochida, K., Daudi, A., Tomita, M., Shirasu, K. and Ishihama, Y. Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phospho...

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ショウジョウバエ概日振動ネットワークモデルの比較解析

体内時計は精巧な転写フィードバック制御で安定したリズムを刻む Ogawa, Y., Arakawa, K., Kaizu, K., Miyoshi, F., Nakayama, Y. and Tomita, M. Comparative study of circadian oscillatory network models of Drosophila. Artif Life. 14(1) ...

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古細菌45種における tRNA 遺伝子配列の網羅的な系統解析

3種類の tRNA の進化的な関連性と、2つの遺伝子の組み合わせによる tRNA の起源を示唆Fujishima, K., Sugahara, J., Tomita, M. and Kanai A. Sequence Evidence in the Archaeal Genomes that tRNAs emerged Through the Combination of Ancestral Ge...

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環状構造を経て合成される新種トランスファーRNA遺伝子を発見

tRNA進化の解明へ、バイオインフォマティクスで大きく貢献 Soma, A., Onodera, A., Sugahara, J., Kanai, A., Yachie, N., Tomita, M., Kawamura, F. and Sekine, Y. Permuted tRNA Genes Expressed via a Circular RNA Intermediate in Cyani...

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ゲノムを再構築する新しい技術『ドミノ倒し法』の開発

枯草菌をベクターに用いて、新たな「合成生物学」のパラダイムへ Itaya, M., Fujita, K., Kuroki, A., Tsuge, K. Bottom-up genome assembly using the Bacillus subtilis genome vector. Nature methods. 5(1) 41-43.  ゲノム全塩基配列が迅速に決定される現代、ゲノム中に...

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コドンバイアスに及ぼすG+C含量バイアスの寄与度を定量化

コドンバイアスとコドン3文字目のG+C含量の相関は細菌ゲノム間で大きく異なる Suzuki, H., Saito, R. and Tomita, M. Variation in the Correlation of G+C Composition with Synonymous Codon Usage Bias among Bacteria. EURASIP J Bioinform Syst Bi...

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大腸菌の走化性における刺激応答・順応現象のシミュレーション解析

走化性受容体とCheタンパク質群の相互作用による新たな出力制御を示唆 Matsuzaki, Y., Kikuchi, S. and Tomita, M. Robust Effects of Tsr-CheBp and CheA-CheYp Affinity in Bacterial Chemotaxis. Artificial intelligence in medicine, 41(2) 145...

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リン酸化プロテオーム解析のための全自動濃縮・分析システムの開発

世界初、複雑極まる細胞抽出液の大規模リン酸化プロテオーム解析に成功 Imami, K., Sugiyama, N., Kyono, Y., Tomita, M. and Ishihama, Y. Automated Phosphoproteome Analysis for Cultured Cancer Cells by Two-Dimensional NanoLC-MS using a Calc...

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バクテリアゲノムの複製による選択度合いを定量化

複製するメディアとして最適化されたゲノムのデザインパターンを探る Arakawa, K. and Tomita, M. The GC skew index: a measure of genomic compositional asymmetry and the degree of replicational selection. Evolutionary Bioinformatics, 3, 1...

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