公開リソース
E-Cell Simulation Environment
E-Cell Projectはコンピュータ内で生体内の動的な挙動を再構築し、シミュレーション解析を行うためのソフトウェアE-Cellの開発を行っている国際的なプロジェクトである。
プロジェクトウェブサイト
参考文献
A multi-algorithm, multi-timescale method for cell simulation.
Takahashi K., Kaizu K., Hu B. and Tomita M.
Bioinformatics 20: 18-26. (2004)
連絡先
G-language Genome Analysis Environment
ゲノム情報解析を簡便かつ高速に行うためのソフトウェアパッ ケージです。
利用方法
ウェブサイトからダウンロード
プロジェクトウェブサイト
参考文献
G-language Genome analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining.
Arakawa K., Mori K., Ikeda K., Matsuzaki T., Kobayashi Y. and Tomita, M.
Bioinformatics 19: 305-6. (2003)
連絡先
Keio Collection
大腸菌K-12株の全予測遺伝子（4288遺伝子）の単一遺伝子欠失株のコレクションです。 Keio Collectionを調べることで、大腸菌を構成する全てのタンパク質の働きを 一度に調べることが可能です。
これまでに、30万株以上のKeio Collectionが20ヶ国以上の国の研究者に配布され、 利用されています。
利用方法
ウェブサイトから申込
ウェブサイト
http://ecoli.naist.jp/gb6/Resources/deletion/deletion.html
参考文献
Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection.
Baba, T., Ara, T., Hasegawa, M., Takai, Y., Okumura, Y., Baba, M., Datsenko, K.A., Tomita, M, Wanner, B.L. and Mori, H.
Molecular Systems Biology 2: 2006.0008. (2006)
MathDAMP
メタボローム解析のためのMathematica用ソフトウェアパッケージです。
利用方法
プロジェクトウェブサイト
http://mathdamp.iab.keio.ac.jp
参考文献
MathDAMP: a package for differential analysis of metabolite profiles.
Baran, R., Kochi, H., Saito, N., Suematsu, M., Soga, T., Nishioka, T., Robert, M. and Tomita, M.
BMC Bioinformatics 7: 530. (2006)
連絡先
MassBank.jp
MassBankは慶應義塾大学 先端生命科学研究所(IAB) 分析化学グループ、理化学研究所 植物科学研究センター(PSC) メタボローム基盤グループが中心となり、JST-BIRD プロジェクトとして開発する、高分解能マススペクトルデータベースです。
プロジェクトウェブサイト
http://www.massbank.jp/index.html
連絡先
eXpanda
eXpandaはperlで構築されたネットワーク解析のためのソフトウエアです。
プロジェクトウェブサイト
https://github.com/expanda/expanda
連絡先
E-Cell simulation Environment 3D
E-Cell 3Dはシステムバイオロジーのためのシミュレーション結果を、最新の3D技術によって可視化するソフトウェアです。
プロジェクトウェブサイト
http://ecell3d.iab.keio.ac.jp/
連絡先
Genome Projector
Google Maps APIを用いて、複数のレイヤーにまたがる生化学情報をインタラクティブに可視化したウェブアプリケーション。現在はGenome map、Plasmid map、Pathway mapそして DNA walkをビューアに実装している。
利用方法
プロジェクトウェブサイト
http://www.g-language.org/GenomeProjector
連絡先
Pathway Projector
Pathway Projector は KEGG Atlasをもとに酵素や遺伝子のノードを追加した大規模代謝マップを ZUIで閲覧できるソフトウェアであり、この上で経路検索やデータのマッピング、パスウェイの編集などを行うことができる。
プロジェクトウェブサイト
http://www.g-language.org/PathwayProjector/
連絡先
Multi-omics database of Escherichia coli
本データベースではIshii et al. (2005) Scienceで報告した大腸菌マルチオミクス解析のデータを公開している。